自治醫(yī)科大學最初在1972年設立之時的目標是，確保和提高偏遠地區(qū)的醫(yī)療體系，并且增進當地居民的福祉。學校的教育目的是培養(yǎng)堅持醫(yī)療道德，并且同時具有較高臨床實力的醫(yī)師，以醫(yī)學的進步和提高當地住民的福祉為使命。自治醫(yī)科大學是由在地域醫(yī)療體系中負責的全國各都道府縣共同創(chuàng)立的學校法人進行運營的。本校的學生們，可以通過在校6年時間的住校生活，共同的起居，蘊育出自律協調的精神和責任感。同時，通過加強與都道府縣的聯系，努力使學生們加深對偏僻地域醫(yī)療現狀的認識，鞏固對人道醫(yī)療的使命感。